978–1014
ტაძარი აშენდა ბაგრატ III-ის — გაერთიანებული საქართველოს პირველი მეფის — მეფობის დროს, ქართული სამეფოების გაერთიანების აღსანიშნავად.
1003 წელი
ჩრდილოეთ კედლის წარწერა ადასტურებს, რომ ტაძრის იატაკი 1003 წელს დაიგო — ეს არის შენობის ყველაზე ზუსტი თარიღი.

XI–XVII სს.
საუკუნეების განმავლობაში ტაძარი იმერეთის სამეფოს მთავარი ტაძარი იყო; აქ იკურთხებოდნენ მეფეები და აღესრულებოდა სახელმწიფო მნიშვნელობის ღვთისმსახურება.
1692 წელი
იმერეთის სამეფოში შემოჭრილი ოსმალთა ჯარის ზარბაზნის ტყვიამ ტაძარს დიდი ზიანი მიაყენა: ჩამოინგრა გუმბათი და გადახურვა. ტაძარი ორ საუკუნეზე მეტ ხანს ნანგრევებად დარჩა.

ფოტო: Чернецов Н. Г. Public domain
XIX საუკუნე
დანგრეული ტაძარი XIX საუკუნეში ევროპელ და რუს მოგზაურთა ყურადღების საგანი გახდა. მათი ნახატები და აკვარელები ტაძრის მდგომარეობის მნიშვნელოვანი წყაროა.

ფოტო: Голицын А.Н. Public domain
1950-იანი–1994
კონსერვაციისა და აღდგენის სამუშაოები 1950-იან წლებში დაიწყო ქართველი არქიტექტორის ვახტანგ ცინცაძის ხელმძღვანელობით და რამდენიმე ათწლეულის განმავლობაში, ექვს ეტაპად, გაგრძელდა.
1994 წელი
1994 წელს ბაგრატის ტაძარი გელათის მონასტერთან ერთად, ერთიან ობიექტად, შეიტანეს UNESCO-ს მსოფლიო მემკვიდრეობის სიაში.

2009–2012
2010-იან წლებში ტაძარი ხელახლა აღადგინეს თანამედროვე მასალების — მინისა და ლითონის — გამოყენებით. სამუშაოებმა ცხარე კამათი გამოიწვია მემკვიდრეობის დაცვის სპეციალისტთა შორის.
2017 წელი
2017 წლის ივლისში UNESCO-მ ბაგრატის ტაძარი ამოიღო მსოფლიო მემკვიდრეობის სიიდან რეკონსტრუქციის მასშტაბის გამო. გელათის მონასტერი სიაში დარჩა. ტაძარი კვლავ მოქმედი საკათედრო ტაძარია.