ქუთაისის სამღვდელმთავრო კათედრის დაწინაურება, განსაკუთრებით VIII საუკუნის ბოლო მეოთხედიდან, ლეონ II აფხაზთა მთავრის მიერ ეგრის-აფხაზეთის გაერთიანებული სამეფოს შექმნით დაიწყო. ახალშექმნილი სამეფოს პოლიტიკურ-ადმინისტრაციული ცენტრი ქალაქი ქუთაისი გახდა, რომლის ძალაუფლება მთელ დასავლეთ საქართველოზე, მათ შორის ზღვისპირეთზეც ვრცელდებოდა.

VI–VII საუკუნეებიდან დაწყებული დასავლეთ საქართველოს — ეგრის-აფხაზეთის საკათალიკოსოს ჩამოყალიბება X საუკუნის დამდეგს დასრულდა. გაერთიანებული ქვეყნის დაწინაურებულ კათედრად ქუთაისის საეპისკოპოსო ითვლებოდა, რომელიც გურიისა და აჭარის მნიშვნელოვან ნაწილსაც აერთიანებდა.

978 წელს, ქუთაისში გაერთიანებული საქართველოს მომავალი მეფის, ბაგრატ III-ის კურთხევის შემდეგ, ქალაქი ოფიციალურად საქართველოს დედაქალაქი გახდა, ქუთათელი კი — „საქართველოს მეფეთა მაკურთხებელიცა და მესაფლავეც“. ახალი სამღვდელმთავრო კათედრალი — ბაგრატის ტაძარი — მეფე ბაგრატმა 1003 წელს ააშენა.

ქუთაისი 1122 წლამდე, დავით აღმაშენებლის მიერ თბილისის აღებამდე, საქართველოს დედაქალაქად ითვლებოდა, ხოლო შემდგომ — რუსუდანის, დავით ნარინისა და სხვათა მეფობისას — სახელმწიფოს ადმინისტრაციულ ცენტრს წარმოადგენდა.

საქუთათელო სამწყსოს მთლიანობამ XV საუკუნემდე გასტანა. გურიის დამოუკიდებელ სამთავროდ ჩამოყალიბების შემდეგ გურიელმა ერისთავმა ქუთათელს ეპარქიულად განაშორა ძველი სამწყსო და სამი დამოუკიდებელი სამღვდელმთავრო კათედრა — შემოქმედი, ჯუმათი და ხინოწმინდა — შექმნა.

XVI საუკუნის 30-იან წლებში იმერთა მეფემ ბაგრატ III-მ (1510–1565) ქუთათელის სამწყსოში ორი ახალი ეპარქია — ხონი და გაენათი (გელათი) — ჩამოაყალიბა. 1540-იან წლებში აფხაზეთის საკათოლიკოსო კათედრისა და რეზიდენციის გელათში გადმოტანის შემდეგ კათოლიკოსად ხშირად ქუთათელს ან გაენათელს ნიშნავდნენ.

XVII–XVIII საუკუნეები, იმერეთის საერთო დაკნინების ხანა, ქუთათელის სამღვდელმთავროს დამცრობის პერიოდად ითვლება. ბაგრატის ტაძრის ოსმალთა მიერ აფეთქების შემდეგ კათედრა დროებით გაუქმდა კიდეც.

გაპარტახებული ეპარქიის აღდგენა XVIII საუკუნის შუა წლებიდან იწყება. 1740 წელს ქუთაისის ეპარქიის მწყემსმთავრად დაადგინეს სულ ახალგაზრდა, ოცი წლის მიტროპოლიტი ანტონ ბაგრატიონი — მომავალში საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი ანტონ I. დაკნინებულ სამღვდელმთავროთა ტერიტორიისა და ძველი მამულების მოძიება-განახლება იმერეთის მეფის სოლომონ I-ის ძალისხმევას უკავშირდება.

XVIII საუკუნის 70-იანი წლების ბოლოდან 1820 წლამდე კათედრებს განაგებდნენ მიტროპოლიტები დოსითეოს წერეთელი და ექვთიმე შერვაშიძე. მათი ძალისხმევით მომზადდა მთელი საქართველოს ერთ სამეფოდ გაერთიანების საფუძველი; გაერთიანება მაშინ ვერ შედგა, სამაგიეროდ აღმოსავლეთ და დასავლეთ საქართველოს შორის „ივერიელთა ერთობის ტრაქტატი“ დაიდო.

1819–1820 წლების იმერეთის აჯანყებისას დოსითეოს ქუთათელი და ექვთიმე გენათელი აჯანყების შუაგულში აღმოჩნდნენ. აჯანყების ჩახშობის შემდეგ, რუსეთის სინოდის 1821 წლის 19 ნოემბრის ბრძანებით, იმერეთში არსებული ეპარქიებიდან შეიქმნა მხოლოდ ერთი — იმერეთის ეპარქია ქუთაისის კათედრით.

1917 წელს ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ, საქართველოს ეკლესიის პირველ კრებაზე, განახლებულ ცამეტ ეპარქიას შორის ქუთაისისა და გაენათის ეპარქიებიც აღდგა. ქუთათელ მღვდელმთავრად აირჩიეს მიტროპოლიტი ანტონ გიორგაძე. მალე ქუთაისისა და გაენათის კათედრები ერთ სამწყსოდ გაერთიანდა და ეწოდა ქუთაის-გაენათის ეპარქია.